南方科技大学自动化与智能制造学院（其前身为系统设计与智能制造学院）成立于2018年11月，是南方科技大学探索和应用新工科教育理念的重要平台之一。自2023年1月起，自动化学科正式并入该学院。学院紧密围绕国家及粤港澳大湾区在自动化相关领域的重大战略需求，重点发展先进控制理论与应用、人工智能与机器人、智能制造等特色优势学科。致力于探索国际化优秀人才培养模式，旨在培养具备卓越创新科研能力、强大国际竞争力以及深厚家国情怀的领军人才。

学院现有一个本科专业——自动化，并拥有控制科学与工程一级学科博士点。学院下设控制科学技术和设计智造两个研究中心。控制科学技术中心聚焦于先进控制方法和人工智能技术的研究与应用，重点布局具身智能、多智能体协调控制、自主智能无人系统及分布式控制等研究方向；设计智造中心深度融合现代设计理论与先进制造技术，学科交叉涵盖工业与产品设计、智能制造、电子工程、机械工程、计算机工程、材料工程、系统工程等多个方向。